Kanji Sasahara adalah mahasiswa baru yang introvert hanya mencari tempat untuk menyesuaikan diri. Suatu hari, dia kebetulan tersandung pada klub yang dikenal sebagai Society for Study of Modern Visual Culture-atau yang dikenal dengan Genshiken-yang berfungsi untuk menghadirkan spektrum penuh. dari budaya otaku bersama. Kunjungan pertamanya ke klub, bagaimanapun, tidak berakhir dengan baik karena kebanggaan Sasahara dihancurkan oleh seniornya, Harunobu Madarame, dan dia meninggalkan pertemuan tersebut dengan sepenuhnya menolak sifat otaku. Namun, setelah berteman dengan anggota klub Makoto Kousaka, yang ternyata merupakan otaku hardcore meski penampilannya, Sasahara menjadi lebih terlibat dengan aktivitas klub yang meliputi terobsesi dengan anime favorit mereka, membaca doujinshi, dan menghadiri konvensi. Di sana, dia bertemu dengan orang-orang menarik lainnya seperti pacar Kakuaka Koujo yang berapi-api, Saki Kasukabe, yang berusaha mengubah pacarnya menjadi “pria normal”. Sementara Saki berjuang untuk memahami budaya otaku dan kecintaan pacarnya untuk itu, Sasahara mendapati dirinya menikmati waktunya di Genshiken, secara bertahap melepaskan penyangkalan yang pernah dia miliki tentang menjadi otaku dan membenamkan dirinya dalam gaya hidup otaku.