Ini adalah sekuel dari Hakuouki. Protagonis, Yukimura Chizuru adalah putri dari seorang dokter yang bekerja di Edo. Sang ayah meninggalkan Edo untuk bekerja sebagai dokter sukarelawan dan pindah ke Kyoto tanpa putrinya. Seiring waktu berlalu, Chizuru mulai khawatir kehilangan kontak dengan ayahnya, jadi dia memutuskan untuk pergi ke Kyoto untuk mencari dia. Dalam perjalanan, Chizuru diserang oleh beberapa penjahat dan saksi pertarungan antara oni dan Shinsengumi. Membawanya ke tahanan dan menyelamatkannya, perdebatan Shinsengumi apa yang harus dilakukan dengan Chizuru ketika mereka menemukan bahwa ia adalah putri dari dokter mereka juga cari. Jadi mereka memutuskan untuk menjadi pelindung Chizuru dan membantu mencari dia untuk ayahnya (dokter). Banyak peristiwa terjadi saat ia tinggal dengan Shingensumi, karena mereka menemukan rahasia misterius dan juga melawan kelompok Bakumatsu. Cerita ini secara keseluruhan romantis dengan latar belakang sejarah dan politik.